周武帝邺城会议后，立即在齐境推行废佛命令，四万所寺院全部充公，赐给王公为第宅，勒令三百万僧众还俗，毁灭经像法物。原齐国的佛教就这样荡然无存了。幸好，周武帝对僧众个人没有采取极端行动，也没有派人继续跟踪追击。所以，当废佛大令风行之时，大部分僧人被迫还俗了，甚至有的当官了，但还有少数僧徒，立场坚定，毫不动摇，他们外穿俗装，内着僧衣，暗地里仍践行宗教生活。慧远就是这样难能可贵的一员。他在山中极其困难的生活条件下，仍坚持修炼，在前后的三年时间里，他诵咏《法华经》、《维摩经》等各一千遍。进而又对这些佛德进行修证，常常是睡在山里，饮于谷中。
周武帝在灭掉的齐国境内推行废佛措施刚刚一年，第二年正月，周武帝去世，宣帝继位，废佛事的劲头没有那么足了，下诏从原沙门中选取七人在皇宫内修道。不久，宣帝传位静帝，下诏天下，允许官民信奉佛教，接着又命选一百二十位僧人在长安陟山古寺为国修道，宣布天下恢复佛像和道教天尊像。就在长安陟山古寺选僧人为国修道的同时，又诏令在洛阳也修一座陟山古寺，选派僧人入寺修道。这两寺均为“菩萨僧”，就是修行者规定不许剃除须发。在这次选拔的德高望重的僧人中，就有慧远在内，慧远被派到洛阳后，入住嵩山少林寺。
青莲寺和少林寺，有着很深的缘源。少林武功名扬天下，连外国人都投师学艺。然而很少有人知道，少林寺武功中却凝聚着慧远法师的心血。
少林寺因禅宗而出名。禅宗初祖菩提达摩曾在少林面壁坐禅。《传灯录》载，达摩“止于嵩山少林寺，面壁而坐，终日默然，人莫之测，谓之壁观婆罗门”。可见，达摩并不是个喜欢风风火火的人。他面壁十年，创出了禅宗。“达摩以心印付慧可，可付僧璨，璨付道信”《传灯录》，都是以坐禅而名，“肃然静坐，不出文记”。慧远到少林，正是社会动乱、中国佛教处于特殊的历史时期，所以教弟子学些青莲贝叶功，极大丰富了少林武功。少林武功并非一人所创，而是凝结了无数人的心血，由一代代武林高手发展流传下来，是中华民族智慧的结晶。
慧远之武学，得益于他的第一位恩师昙始。昙始是我国佛教界著名的武学大师，其青莲贝叶功造诣极高，到了出神入化地步。在跟随昙始学艺时，慧远正是习武的最佳年龄。史书中在记载慧远时，也像他的老师昙始那样，常有“异象”出现。
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