慧远为传授佛法，自始至终都在注解经书。慧远注解的经书，有《地持》、《十地》、《华严》、《涅槃》等。 尤其是注疏《涅槃》，耗费了他大量精力。汤用彤先生在其《汉魏两晋南北朝佛教史》第二十章内《北方涅槃之学》一节中曾谓：“‘（法）上之弟子慧远，齐隋之间，推为泰斗。”
注疏《涅槃经》，宛若数学领域的哥德巴赫猜想。慧远最终摘取了这颗王冠上的明珠，为青莲寺赢得了莫大的荣光。
《涅槃经》是佛教一部重要经典。其中心是讲佛性问题，即人能否成佛，成佛的依据以及可能性等问题。经中提出“泥洹不灭，佛有真我；一切众生，皆有佛性”。肯定了佛身是常住不灭，明确说明了一切众生有佛性。同时经中还说，佛有“常、乐、我、净”四德。这些思想对中国佛教的发展起了很大作用。
南北朝时，涅槃学盛行于南北各地，许多学者纷纷为《涅槃经》作注写疏。为什么专门对这部佛教经典诚意钻研弘传呢？《涅槃经》自北魏孝文帝倡导起，一直盛传学习风尚，不少俗众自听讲之后，便依然出家，更有出家后专事此经而名重一时的僧人。在我国古代，各宗派如天台宗、华严宗等，把《涅槃经》作为佛的最高最完善的说法。但是，佛教传入中土时，佛经俱是梵文，深奥难懂。尤其是佛经宝典《涅槃经》，更是深不可测。诸多高僧费尽心血，潜心研究，但均未如愿以偿，所译经文总要遭到人们质疑。因此，研究《涅槃经》的大德高僧愈来愈多，人人都想率先揭开这层神秘面纱，所译经文得到天下公认。
慧远下决心注疏《涅槃》，在跟随其师法正时即有了此心愿。法正九岁时就诵读《涅槃经》，后来在衣食无着落时仍专心致志研究，到当上国统后还是坚持不懈。慧远受其影响颇大，晚年时一个梦更增强了他的信心。他在做完地持疏后，梦见自己登上了须弥山。站在山顶上向四处观望，看到一片苍茫的海水，接着又看到佛的形象。佛头朝北躺在宝树下，紫金色的身上布满了灰尘。慧远走上前去，先躬身施礼，然后用自己的衣服拂去佛身上的灰尘。立刻，佛的身体变得光亮干净。醒来后，慧远知道这是自己写的注疏符合佛经的本意，才有此征兆。于是，他便集中精力注疏《涅槃》。
慧远先后拜昙始、僧思、湛律师、昙隐、法上等大德高僧为师，在邺又与天下各宗各派高僧广泛交流，不断吸取各宗浱之精华，大大开阔了视野，为他日后注疏《涅槃经》成功打下了基础。入隋之后，他又与一齐讲法的昙延、昙迁共同探讨，互相学习，进一步增强了理解。三人都是同时代的高僧，各有所长。昙延对《涅槃经》有很深的研究，已经义疏《涅槃经》十五卷。《佛祖历代通载》“法师昙延，姿度环异身长九尺六寸，垂手过膝，目光外射，才望与惠（慧）远相捋。述诸经义疏，议者谓标举纲目远不逮延，文句惬当延不逮远”。昙延与慧远各有所长，慧远正是虚心向昙延学习，以人之长，补己所短。昙迁则是当时讲解《大乘论》的权威之一。要说慧远当时是全国六大高僧之首，但他仍然虚心向二人学习，“晚年又就昙迁禀受摄大乘论”（《佛光大辞典》）。这种活到老学到老的精神，在当时成为佛门中的美谈。二人对慧远日后的成功提供了巨大的帮助。
慧远在净影寺，一边研经，一边传法。开皇七年（587），隋文帝又让他入朝。慧远身在曹营心在汉，见本宗的第七识尚不彻底，又要求回青莲。隋开皇十二年（592），文帝只好让他主译经文，刊定辞义。慧远回到青莲寺，一头钻进仙人洞中闭关研习。传说他在闭关期间，寺中僧尼无人见其一面，连送饭的小师也只能将饭菜置于洞口，不得入内。洞外，每日里有成群的灵蛇护卫，若有人靠近，即群起而攻之。终于有一天，他将《涅槃经》注释完毕，开关出洞，走上寺外天然石台，默默念道：“如果老僧的注疏成功，符合禅理，笔当驻空。”遂掷笔于空，片刻凝空不动，留下掷笔台千古佳话。举寺祝贺，全国欢庆，慧远俨然成为佛门英雄，被尊为“僧中之龙”。
慧远一生著述颇丰，他博综当代诸学，亦精通文理，世称“疏王”、“释义高祖”，成为佛界宗说的集大成者，受到各宗各派的共同拥戴和尊敬。慧远是与天台宗创立者智顗和三论宗开宗者吉藏齐名，且较后两人更早取得成就的佛学家，被著名史学家陈寅恪先生称为南北朝时期佛学界最博学的佛学林师。著有大乘义章二十六卷、十地经论义记十四卷、华严经疏七卷、大般涅槃经义记二十卷、法华经疏七卷、维摩经义记四卷、胜曼经义记三卷、无量寿经义疏一卷等，凡二十部百余卷。其中，大乘义章二十六卷，被称为佛教之百科全书，对隋、唐的佛教影响很大。慧远一生弘法无倦，勤于著述，唐人道宣说他“所流章疏五十余卷，二千三百余纸，纸别九百四十五言”（道宣《续高僧传》），总计二百二十万字左右，可谓著作等身。道宣称慧远之著作广布于京邑，所到之处“皆成诵在心”，且一直到道宣生活之唐代仍然绵绵不绝。道宣律师甚至称誉道：“虽复与诸德英名一期，至于归学师寻，千里继接者，莫高于远矣。”如此赞誉，在《续高僧传》中称为罕有。此并非虚誉，而是实至名归的盖棺之论。著名佛教史家汤用彤先生亦云：“慧远《大乘义章》本为其时佛学之概论，而四宗之说，包举各宗，则又北朝佛法概论之概论也。研究北土之学者，宜首就此发明也。”
时至今日，海外学者对慧远的学术思想非常重视。有学者云：“在北齐、北周以及隋朝早期的北方（约550～592），如果不能对慧远流传下来的十部或残缺或完整的著作融会贯通，则任何学术研究都无法完成。”遗憾的是，在这样一位重要佛学家的家乡，却很少有人深入研究。
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